Был создан в 1969 году. Является ведущим и самым крупным музеем на юге Молдовы, где можно пронаблюдать все этапы развития истории гагаузского народа и гагаузской автономии.
Музей экспонирует богатый материал по истории и культуре гагаузов, повествует об обычаях и традициях, спорте, медицине, о развитии политической жизни автономии. Его фонды на сегодня насчитывают более 80500 экспонатов. Среди них – предметы декоративно- прикладного искусства и быта, периодические издания, одежда и аксессуары, предметы археологии, сувениры.
Сотрудники учреждения ведут просветительскую, собирательскую и научно-исследовательскую деятельность, а также пропагандируют и продвигают культуру гагаузского народа в мировом сообществе, пополняют фонды музея ценными экспонатами, выявляют новые факты в истории, культуре и традициях гагаузского народа. На высоком уровне проводятся интересные мероприятия, всевозможные выставки, встречи, презентации, сотрудничают с Национальными и другими музеями Молдовы, Гагаузии, странами ближнего и дальнего зарубежья.
По материалам фондов музея воссоздается история края за несколько тысячелетий и этапы развития гагаузской культуры за минувшие два с лишним века его истории, начиная с III-IVвв н.э..
Комртаский музей является самым посещаемым музеем. Ежегодно сюда приходят около 6 тыс. людей.
